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目前，转基因作物实际就是两个基因：抗虫基因、除草剂基因。但研究生物技术的学者们已经发现了一片广阔的新天地与植株共生的内生菌。内生菌在植物体内定殖、繁殖、转移，如果将某些抗逆基因导入到内生菌中，能提高植物的抗逆能力，而植物本身并未发生改变，这样可以保持植物的天然性状。目前全世界至少已在80个属290多种禾本科植物中发现有内生真菌，近年来在甘蔗、玉米、水稻等禾本科农作物中还发现多种能固氮的内生细菌。可见植株与其内生菌构成了一个小小的生态环境。
本世纪初，大田作物普遍推广了秸秆还田、免耕播种等新的耕作制度，提高了效率，减少了开支。但同时也使农田生态发生了巨大变化，使以往相对独立的小麦、玉米等单一作物生态，变成了相互影响的“小麦玉米小麦”一体化生态体系。在该体系中，农田免耕保护了土传病虫害的病菌和害虫的栖息地，为繁衍有害生物创造了有利的环境条件；秸秆还田把病残体和秸秆内越冬越夏的害虫又带回大田，积累了菌源和害虫数量；农机异地收割使病虫草害在不同地区、不同地块间的传播和扩展更为快捷，从而导致新病虫草害不断发生，老病虫害严重回升，多种作物连带受害现象突出。
根据国家《村镇规划标准》，村镇人均建设用地指标应在150m2以内。而在广大农村地区，农村居民人均用地均在200m2～400m2之间，严重超过国家规定的用地标准。特别是宅基地占地面积大，有的宅基地占地达到0.1hm2/户以上，远远超过宅基地0.03hm2/户的用地标准。此外，双重占地现象严重，农民住宅空置现象突出，乡镇企业土地利用粗放，村镇道路建设随意，占用大量耕地，村庄建设外延扩张过度，村庄内部土地利用率低。
中科院遗传发育所张爱民指出，小麦占农业用水的70%，节水的关键应当是小麦。我们的育种家已经培育出一大批高产、节水的品种。像石家庄农科院培育的“石家庄8号”，2007年、2008年两年曾经在山西长武靠降雨情况下，对其产量水平进行过产量测定。在完全靠降雨的情况下，“石家庄8号”在长武当地的产量水平超过了当地最好的品种，达到500公斤以上。他主张大力发展高产节水农业，应借鉴中科院栾城和封丘的经验，发展节水1.2吨田、1.5吨田。（《黄淮海农业可持续发展有关问题》）
河北农业大学商学院王军等运用因子贡献度、指标偏离度和单项障碍度等对河北省四大农业生态区生态安全指标的障碍度计算后对其进行了比较，结果表明：影响河北省农业生态安全的障碍性因子包括农药使用强度、单位农产品物耗、化肥使用强度、人均水资源量、贫困人口比例、单位农业产值能耗和农作物单产水耗等。主要位于农业生态压力中的一级指标层，首位是环境污染，其次是资源消耗，最后是社会支撑。说明目前河北省农业生态环境保护能力弱，资源利用效率较低，浪费现象比较严重，贫困带导致的社会支撑能力不足。据此，他们主张：大力实施农业节能降耗；开发生态家园富民工程，发展循环农业；推行节水和旱作农业，完善水制度和水管理；逐步实施跨区域生态补偿。（《河北省农业生态安全障碍度评价与对策》）
因此，他主张通过粮田耕地质量培育、粮田灌溉设施建设、防灾减灾能力建设等重大工程措施，用10年（2010年～2020年）左右时间集中力量改造8.7亿亩中低产粮田、稳定已有5.3957亿亩高产粮田，总量上形成10亿亩左右高产稳产高标准粮田、粮食平均单产达到500公斤、年产5亿吨的粮食综合生产能力，确保我国粮食安全长期无虞。（《确保我国粮食安全永固无虞之举关于建设10亿亩高产稳产粮田综合生产能力的思考》）
中央农村工作领导小组办公室主任陈锡文指出，曾经作过这样的分析，他说纵观全世界已经实现工业化的国家，都经历过这样两个趋势。第一个趋势，现在的发达国家在工业化的初始阶段也都是从农业中汲取资源的；又分析，当工业化发展到相当程度之后，这些国家都开始实行工业反哺农业及农村的政策措施。这样一个变化，任何国家的现代化进程都要经历，问题是拐点在哪里？我了解我们农业经济学界大概从80年代后期不断地说拐点到了、拐点到了，但实际上迟迟没有到来。
综合起来，有关农业与粮食的研究，技术层面的成果最丰富，相对而言共识较多，不同的意见较少。规划层面的研究成果也比较丰富，但已经有一些相互矛盾的主张，如转基因问题。国土资源部的介绍村庄治理问题时，也提到陈锡文担忧侵害农民利益。从一些地方政府依赖“土地财政”和房地产商的逐利本能看，这些担忧不无道理。至于机制层面的研究成果则相对薄弱，而且分歧意见更多。比如有学者强调，现在的问题是粮食卖不出去，其潜台词是粮食危机子虚乌有。也有人认为与国际市场相比粮价太低，主张提高粮价。但在市场经济体系中，商品间的相对比价本质上取决于购买力的分布。我国的现实是，追逐利润的购买力越来越强于追逐基本消费品的购买力，于是资产类的价格上升速度远快于基本消费品。在这样的背景下，提高粮食价格势必导致价格联动，比价终将回到原来的状态附近。此外，对于产业链的开放也存在明显不同的意见。
